Στις 22/6 του 1633 το Ιεροδικείο της Ρώμης αναγκάζει τον Γαλιλαίο να αποκηρύξει την θεωρία του ότι η Γη γυρίζει γύρω από τον Ήλιο.
Αρχικά καταδικάστηκε σε ισόβια, αλλά η ποινή του μετατράπηκε σε κατ’ οίκον περιορισμό κι έτσι πέρασε την υπόλοιπη ζωή του έγκλειστος σε μια έπαυλη της Φλωρεντίας. Αυτό δεν τον εμπόδισε να συνεχίσει το θεωρητικό του έργο, μολονότι σιγά σιγά έχανε το φως του. Επέλεξε ένα λιγότερο αμφιλεγόμενο θέμα και έστρεψε τις έρευνές του στη μηχανική.
Όσο για την Καθολική Εκκλησία, θα περνούσαν πάνω από τρεις αιώνες μέχρι να παραδεχτεί ότι ο Γαλιλαίος είχε τελικά δίκιο. Παρά τα εμπόδια που αντιμετώπισε, είναι απολύτως βέβαιο ότι ο Γαλιλαίος συνέβαλε στην καθιέρωση της επιστήμης στον κόσμο της διανόησης, έστω κι αν αυτό δεν έγινε κατά τη διάρκεια της ζωής του.
Τελικά, 80 χρόνια μετά τον θάνατό του, οι ηλιοκεντρικές θεωρίες του αποδείχτηκαν από ένα άλλο μεγάλο επιστημονικό μυαλό, τον Ισαάκ Νεύτωνα, ο οποίος γεννήθηκε τη μέρα που πέθανε ο Γαλιλαίος. Μέχρι σήμερα εξακολουθεί να αποτελεί επιστημονική πηγή έμπνευσης. Το 1989, το μη επανδρωμένο διαστημόπλοιο που στάλθηκε για να μελετήσει τον Δία και τα φεγγάρια του πήρε το όνομα του Ιταλού επιστήμονα κι έτσι η κληρονομιά του συνεχίζει να ζει – ακόμα και στα άστρα.