12/1 του 1899 και ο Μιλτιάδης Νεγρεπόντης εισηγείται τη διοργάνωση πρωταθλημάτων αγώνων ποδοσφαίρου.Στο μεταξύ αρχίζουν να ιδρύονται και οι πρώτοι σύλλογοι που καλλιεργούν και το ποδόσφαιρο ο Π.Ο. Αθηνών, ο Πανελλήνιος Γ.Σ., ο Εθνικός Γ.Σ., ο Παναχαϊκός Γ.Σ., ο Πειραϊκός Σύνδεσμος, ο Ήφαιστος. Εκτός των ελληνικών συνόρων ιδρύονται ο Πέρα Κλουμπ στην Κωνσταντινούπολη, ο Πανιώνιος Γ.Σ.Σ. και ο Γ.Σ. Απόλλων στη Σμύρνη, στην Θεσσαλονίκη ο Όμιλος Φιλομουσών Θεσσαλονίκης, η Ουνιόν Σπορτίβ, και ο Μακεδονικός Γυμναστικός Σύλλογος. Ο ΣΕΓΑΣ συμπεριλαμβάνει το ποδόσφαιρο στην δύναμή του και προκηρύσσει και το πρώτο πανελλήνιο πρωτάθλημα το 1906, με νικητή τον Εθνικό ΓΣ, ενώ στη Σμύρνη το πρώτο πρωτάθλημα είχε διοργανωθεί πολύ νωρίτερα, το 1898 με νικητή τον Απόλλωνα. Από το 1907 εισάγεται στα σχολεία και αρχίζουν να γίνονται αγώνες ανάμεσα σε μαθητές γυμνασίων και μεταξύ φοιτητών. Το ποδόσφαιρο παραμένει στον ΣΕΓΑΣ μέχρι το 1919, όταν οι σύλλογοι ιδρύουν την ΕΠΣΕ. Εκείνη την περίοδο ιδρύονται και οι πρώτες ποδοσφαιρικές ενώσεις. Το 1926 ιδρύεται η ΕΠΟ και το ποδόσφαιρο μπαίνει σε πιο οργανωμένες βάσεις…